1、過濾系統要定期滅菌。
   超濾膜可以截留細菌，但不可以殺死細菌，截留率再好的超濾膜也不能長期保證干凈區不長一個細菌，有細菌就可能大量繁殖。直接影響到透過水質，譬如有的礦泉水成品中出現半透明絲狀白色絮狀的霉菌團，主要是系統被霉菌污染所致。因此，必須定期對周轉環境及過濾系統進行定期滅菌，滅菌的操作周期因供給原水的水質情況而定，對于城市普通自來水而言，夏季7～10天，冬季30～40天，春秋季20～30天。地表水作為供給水源時，滅菌周期更短。滅菌藥品可用500～1000mg/L次氯酸鈉溶液或1％過氧化氫水溶液循環流或浸泡約半小時即可。
2、過濾系統所用組件數量是根據設計總透水量而定的。
   而每根組件所標稱的每小時產水量是指純水透水速率，是指采用純水作測試介質，純水對超濾膜不存在溶質引起的堵塞問題。測試溫度25℃，測試壓力為0.1MPa。 
   由多個組件構成的超濾系統實際透水速率為標稱的 90％左右，但由于裝置的透水速率隨運轉時間而逐漸下降，但經清洗后基本上可以回復到一個相對穩定值，一般情況下，穩定值只是初透水速率的60％左右，此外，超濾組件的透水量還受到溫度、壓力、料液濃度、給水濁度的影響，因此設計時必須考慮以上因素。
3、由于每根超濾組件在出廠前加入保護液，使用前要*沖洗組件中的保護液，先用低壓（0.1MPa）給水沖洗1小時，然后再用高壓（0.2MPa）給水沖洗1小時，無論低壓還是高壓沖洗時，系統的產水排放閥均應全部打開。在使用產水時，應檢查并確認產品水中不含有任何殺菌劑。
4、超濾組件要輕拿輕放，并注意保護，由于超濾組件是精密器材，所以在使用安裝時要小心，要輕拿輕放，更不能甩壞。組件若停用，要先用清水沖洗干凈后，加0.5％甲醛水溶液進行消毒滅菌，并密封好。如冬天組件還要進行防凍處理，否則組件可能報廢。
5、使用中空纖維超濾膜前必須認真閱讀使用說明，按照超濾膜在水處理應用工藝進行操作。