1.實驗室超純水避免與環境接觸
超純水取水后很容易遭到環境污染，所以使用前取水（即取即用）方式是較合適的。只有把超純水與環境接觸的時間縮到極短，才能夠獲得純度*的超純水。
2.不要長時間在儲水桶中存放
在配置高純度的化學試劑時，盡量不要使用長時間儲水桶中存放的超純水，因為儲水桶經長時間使用后，會因雜質、微生物的污染而造成水質的劣化，像這種水，再使用時已經不再是超純水。
3.超純水避免日光直射
儲水桶請勿放置在日光直射處，水溫上升，容易造成微生物繁殖。特別是半透明儲水桶，也會因為日光通透而造成藻類繁殖。
4.取水要放掉初期的水
超純水取水時一定要將初期的出水放掉，以獲得穩定的水質。
5.取水順容器側壁流入
取水時讓超純水順著容器側壁流入，盡量不要讓氣泡產生，可降低空氣污染。
6.不要在終端濾器連接軟管
請不要在終端濾器后再連接軟管，使用直接取水的方式才能獲得純度高的超純水。
7.不用水時把水桶中的水全都放掉
長時間不用水時，應將壓力儲水桶中的超純水全部放掉以防止污染。
8.長時間不使用把初期超純水放掉
超純水機若長時間不使用，再次使用時應把初期超純水充分放掉以確保水質。
9.超純水機保持至少每7-10天通水一次
原則上，超純水機應至少每7—10天通水一次，以防止微生物污染